Фреймворк от Zend очень гибкий в плане организации структуры проекта, нет обязательных стандартов, как у некоторых других фреймворков, мы можем структурировать проекты так, как нам удобнее. Я расскажу как мне удобно это делать. Хотя я особо не отходил от рекомендаций зендовцев в мануалах.